Epigenomique environnementale Génomique environnementale

La plateforme Epigénomique offre la possibilité d’effectuer des expériences de biologie moléculaire (« wet-bench ») et l’analyse des données issue d’approches de séquençage massif (« dry-bench ») dans les domaines de l’épigenétique, épigénomique et épigénétique des populations. L’acquisition de d’un robot (IP-Star) a permis d'automatiser et standardiser l'ensemble des technologies disponibles aujourd'hui pour l'analyse de marques épigénétiques : (1) Chromatin ImmunoPrecipitation (ChIP) pour les protéines chromatiniennes comme les histones modifiés ou des protéines liés à l'ADN methylé ou encore des facteurs de transcription, (2) Methylated DNA Immune Precipitation (MeDIP) et encore (3) d’autres méthodes permettant la conversion par bisulfite pour la détection de 5-methyl-cytosines. Nous offrons également des compétences dans l’analyse de la méthylation de l’ADN et des modifications des histones. Toutes les analyses bioinformatiques utilisent l’interface Galaxy et pourront être effectuées à distance (http://bioinfo.univ-perp.fr).

Techniques : X-ChIP, N-ChIP, ChIPmentation, MeDIP, RRBS, Bisulfite sequencing, WGBS, ATAC-Seq