Metabarcoding et biologie de la conservation : Etude du comportement alimentaire d'une espèce menacée, l'apron du Rhône (Zingel asper, Linnaeus 1758)

Emmanuel Corse invité par Christelle Tougard

Le développement des approches de type Metabarcoding ayant suivi l’essor des techniques de séquençage à haut débit a énormément influencé les différents domaines de l’écologie au cours de la dernière décennie. En écologie trophique, le Metabarcoding de matrice ADN issue de l’appareil digestif d’un prédateur permet d’obtenir une identification taxonomique des organismes qu’il a ingérés. En outre, dans le cadre d’étude d’espèces menacées, l’utilisation des excréments comme matrice ADN peut permettre un examen non-invasif, contrairement aux techniques traditionnelles comme l’analyse des contenus stomacaux. Dans le cadre d’un Plan National d’Action (PNA), cette approche est en cours de développement pour l’apron du Rhône (Zingel asper, Linnaeus 1758), une espèce endémique du bassin du Rhône, qui est aujourd’hui menacée par l’anthropisation des cours d’eau. L’objectif du PNA est de proposer un outil d’aide à la gestion des populations d’aprons, en complétant les connaissances liées à l’utilisation de l’habitat chez cette espèce. Cette étude se base sur l’échantillonnage des excréments d’aprons de différentes populations, couplé à une analyse de la disponibilité des proies dans le milieu basé sur un échantillonnage quantitatif et qualitatif des invertébrés. Au cours de la présentation, j’aborderais les différentes étapes nécessaires au développement du protocole d’analyse des excréments, impliquant la mise en place du protocole moléculaire, la construction d’une banque ADN de référence des proies, et le développement des analyses bio-informatiques. Enfin, j’illustrerais comment  l’approche de type Metabarcoding permettra d’obtenir une information très fine des proies/micro-habitats privilégiés par l’apron en présentant les premiers résultats de l’étude.