Le colloque de Génomique Environnementale (GE) est une manifestation nationale permettant aux chercheurs français et internationaux travaillant sur l’écologie, l’évolution de la biodiversité ou le fonctionnement des écosystèmes d’échanger sur l’utilisation des nouvelles technologies de séquençages (NTS) et des développements récents en bio-informatique. Il s’agira de la troisième édition du colloque de Génomique Environnementale après Lyon (2011) et Rennes (2013)

Ce colloque représente une opportunité exceptionnelle pour échanger entre chercheurs et répondre aux défis posés en matière d’environnement, de réchauffement climatique et plus généralement de maîtrise des impacts globaux sur les écosystèmes. Le colloque GE est un lieu d’échanges privilégié permettant un dialogue efficace entre, d’une part, la communauté scientifique et, d’autre part, les acteurs gérant les systèmes d’observation et d’analyse des écosystèmes (zones ateliers, ORE, parcs naturels etc) ou les demandes sociétales dont les entreprises sont souvent porteuses. 

La génomique environnementale est une discipline récente regroupant l’ensemble des connaissances acquises sur les organismes et écosystèmes présents et passés par l’analyse de la séquence des gènes, génomes, métagénomes, transcrits, transcriptomes et métatranscriptomes. Ainsi, en combinaison avec d’autres technologies et observations, la génomique environnementale informe sur la diversité des organismes (individus, populations, communautés), leur histoire évolutive, leurs potentialités et capacités d’adaptation et d’acclimatation, leur biologie et traits fonctionnels, leurs interactions avec l’environnement dans ses dimensions biotique et abiotique, ainsi que sur les organismes et échantillons fossiles.  Cette discipline se propose d’étudier le fonctionnement des écosystèmes à différentes échelles d’organisation dans des situations d’exposition des organismes à des contextes environnementaux réalistes et complexes. Elle ambitionne également de générer des informations qui répondent à plusieurs demandes sociétales pouvant conduire à une meilleure gestion des écosystèmes, une augmentation de leurs services écosystémiques, ou bien une meilleure évaluation des risques environnementaux des activités et produits des activités humaines. La discipline a émergé avec l’essor des nouvelles technologies de séquençage de l’ADN et de la bio-informatique.

Les NTS permettent un niveau de production de données en (méta)génomique structurelle et fonctionnelle encore inimaginable il y a quelques années. Les NTS modifient profondément et durablement les orientations et les stratégies de recherche en évolution, biodiversité et écologie des organismes et des écosystèmes présents et passés. Ces technologies concernent tous les domaines du Vivant, Archées, Eucaryotes et Bactéries ainsi que les Virus, et permettent d’accéder à des groupes taxonomiques encore inconnus. Cette révolution technologique créée de nouvelles opportunités scientifiques entre chercheurs de disciplines différentes, renouvelle les itinéraires d’acquisition de savoirs et de savoir-faire, et appelle de nouveaux besoins en formations initiales et permanentes des différentes communautés scientifiques relevant de plusieurs organismes de recherche.

Les NTS offrent aux sciences de l’environnement de nouvelles opportunités scientifiques qui, en contrepartie, exigent le développement, l’acquisition et l’appropriation de nouveaux outils d’analyse, de manipulation et de stockage des données produites. L’acquisition et la diffusion de ces savoir-faire s’inscrivent dans un contexte de forte compétitivité nationale et internationale pour la production de connaissances, mais aussi d’enjeux sociétaux comme la gestion de la biodiversité ou l’évaluation des impacts environnementaux des activités humaines. L’utilisation des NTS constitue également pour des chercheurs et laboratoires questionnant différemment le vivant et l’environnement une opportunité de partage et d’échange de données, et de fédération d’expertises autour d’objets communs. Ces enjeux interdisciplinaires sont au cœur des aspirations des porteurs de ce colloque.