Éléments transposables et diversité des génomes

Cristina Vieira-Heddi
UMR 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, CNRS & Université de Lyon 1 - cristina.heddi@univ-lyon1.fr

(Séminaire en français)

Au cours des dernières décennies, des efforts considérables ont été faits pour comprendre les interactions entre les génomes hôtes et les éléments transposables (ET). L'impact des ET sur la régulation des génomes hôtes est bien connu, les ET pouvant agir comme plate-formes de séquences régulatrices ou encore comme des médiateurs de modifications épigénétiques. Beaucoup d’hypothèses présentent les ET comme des intermédiaires importants dans la réponse aux changements de l’environnement, mais peu de travaux empiriques traitent la question au niveau populationnel. Lors de ce séminaire je dresserai un panorama des études de génétique de populations d’ET, y compris les aspects moléculaires. Je présenterai ensuite des résultats récents qui mettent en évidence la diversité de réponses des génomes hôtes en fonction de leur profil en ET, et de l’environnement abiotique et génomique.

Recent publications:

Lopez et al  (2017) Transposable elements and genes are under control in hybrids between Drosophila-related species. Scientific reports:doi:10.1038/srep40618.

Lerat E, Fablet M, Modolo L, Lopez H, Vieira ( 2016) C TETOOLS: a dedicated method to the analysis of TE expression reveals a negative link between TEs and piRNA genes activities.

Goubert et al (2015) De novo  assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti) GBE 7: 1192-1205.