POLITIQUE DE SOUTIEN CeMEB | Labex Cemeb

POLITIQUE DE SOUTIEN CeMEB

Le LabEx CeMEB mène une politique forte de soutien à plusieurs plateformes techniques mutualisées entre les UMRs partenaires du LabEx. Ces plateformes "labellisées CeMEB" proposent un large panel de technologies permettant de mener à bien des analyses dans les domaines de l’écologie, de l’évolution, de la biodiversité et des sciences de l’environnement.

Elles offrent un fort potentiel d’expérimentations en conditions contrôlées voire confinées, sur des terrains expérimentaux incluant des serres (plateformes TE et Ecotrop), mais aussi des analyses chimiques en écologie (plateforme PACE), des analyses de génétique et cytogénomique moléculaire (plateau cytogénomique de la plateforme PGE), du séquençage (Sanger, NGS) et génotypage (plateau GENSEQ de la plateforme PGE).et de la qPCR haut-débit (plateau qPCR de la plateforme PGE, appartenant à Biocampus).

L’exploration non invasive et la numérisation d’objets biologiques en 3D (scanner), y compris sur du matériel vivant, peuvent y être pratiquées (plateforme Microtomographie Rx dépendant de MRI). En outre, des moyens de calculs sont à disposition grâce à la plateforme de calcul scientifique dédiée à la modélisation et traitement bioinformatique de données (plateforme MBB).

Utilisation et fonctionnement des plateformes :

Les différents plateaux mettent à la disposition des utilisateurs des moyens et technologies variés, soit sous forme de plateaux accueillant les utilisateurs qui viennent s’y former et utiliser le matériel commun sous la supervision du personnel du plateau, soit sous forme de prestations réalisées par le personnel.

Le fonctionnement des plateformes est assuré grâce au personnel spécialement affecté par le laboratoire qui les héberge. Ils assurent l’accueil et la formation de nombreux utilisateurs issus des communautés scientifiques régionale, nationale et internationale. Ils assurent également des activités de veille technologique et de formation.

DOCUMENTS DE REFERENCE (a telecharger ci-dessous)

  • Charte des Plateformes CeMEB: résume les apports possibles du LabEx aisni que les critères de labellisation
  • Document formulaire de labellisation de nouvelles plateformes
  • Document formulaire de bilan d'activité "plateforme labellisée"

SOUTIEN AUX PLATEFORMES : EQUIPEMENT

Depuis 2011, le LabEx  CeMEB poursuit une forte politique de soutien aux différentes plateformes par l'acquisitiond 'équipements lourd en collaboration avec de nombreux co-financeurs.

SOUTIEN AUX PLATEFORMES : RESSOURCES HUMAINES

Le LabEx  CeMEB apporte son soutien au développement de ses plateformes labellisées en recrutement du personnel technique support (non permanent) et de stagiaire dédiés aux développements technologiques des plateformes.

Nom : Julien VEYSSIER
Dates : 36 mois (2013-2016)
Plateforme : MBB
Poste : Ingénieur d’Etudes
Missions  : Elaboration d’un service d’aide au développement logiciel, participation à la maintenance, à l’administration système et au développement des logiciels de la plateforme, actions de formation en direction des utilisateurs 
 
Nom : Pauline DURBIN
Dates : 18 mois (2014-2015)
Plateforme : Terrain d’Expérience CEFE
Poste : Technicien Serriste
Missions : Vérification du bon fonctionnement des serres, veille sur l’état sanitaire des plantes (arrosage, ravageurs et plantes adventices) en serre et en champs, préparation des expérimentations et de leurs suivis. 
Nom : Thomas CANTINELLI
Dates : 36 mois (2015-2018)
Plateforme: Seq-Gen (PGE)
Poste : Technicien Biologiste
Missions : Assurer le fonctionnement de deux équipements du plateau GenSeq)de la plateforme de Génomique Environnementale PGE. (électrophorèse capillaire et automate de pipetage.) 
 

 

 

PUBLICATIONS PLATEFORMES 2018

- 2018 & sous presse –

 Anselmetti Y, Duchemin W, Tannier E, Chauve C, Bérard S (2018) Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes. BMC Genomics 19 (2): 96. [Bio/eco-informatics]

Balachowski J, Volaire F (2018) Implications of plant functional traits and drought survival strategies for ecological restoration. Journal of Applied Ecology sous presse: doi: 10.1111/1365-2664.12979 [Experimental fields]

Bonneau M, Atyame C, Beji M, Justy F, Cohen-Gonsaud M, Sicard M, Weill M (2018) Culex pipiens crossing type diversity is governed by an amplified and polymorphic operon of Wolbachia. Nature communications 9 (1): 319. [Genomics]

Delsuc F, Philippe H, Tsagkogeorga G, Simion P, Tilak M-K, Turon X, López-Legentil S, Piette J, Lemaire P, Douzery EJP (2018) A phylogenomic framework and timescale for comparative studies of tunicates. BMC Biology 16 (1): 39. [Bio/eco-informatics]

Fabre P-H, Reeve AH, Fitriana YS, Aplin KP, Helgen KM (2018) A new species of Halmaheramys (Rodentia: Muridae) from Bisa and Obi Islands (North Maluku Province, Indonesia). Journal of Mammalogy sous presse: doi:10.1093/jmammal/gyx160. [Tomography]

Gabirot M, Buatois B, Müller CT, Bonadonna F (2018) Odour of King Penguin feathers analysed using direct thermal desorption discriminates between individuals but not sexes. Ibis sous presse: doi: 10.1111/ibi.12544. [Chemical ecology]

Galan M, Pons JB, Tournayre O, Pierre E, Leuchtmann M, Pontier D, Charbonnel N (2018) Metabarcoding for the parallel identification of several hundred predators and their prey: Application to bat species diet analysis. Mol Ecol Resour 18 (3): 474-489. [Genomics]

Galtier N, Roux C, Rousselle M, Romiguier J, Figuet E, Glemin S, Bierne N, Duret L (2018) Codon usage bias in animals: disentangling the effects of natural selection, effective population size, and GC-biased gene conversion. Molecular Biology and Evolution 35 (5): 1092-1103. [Bio/eco-informatics]

Gaubert P, Antunes A, Meng H, Miao L, Peigné S, Justy F, Njiokou F, Dufour S, Danquah E, Alahakoon J, Verheyen E, Stanley WT, O’Brien SJ, Johnson WE, Luo S-J (2018) The complete phylogeny of pangolins: scaling up resources for the molecular tracing of the most trafficked mammals on Earth. Journal of Heredity 109 (4): 347-359. [Genomics]

Gschloessl B, Dorkeld F, Berges H, Beydon G, Bouchez O, Branco M, Bretaudeau A, Burban C, Dubois E, Gauthier P, Lhuillier E, Nichols J, Nidelet S, Rocha S, Sauné L, Streiff R, Gautier M, Kerdelhué C (2018) Draft genome and reference transcriptomic resources for the urticating pine defoliator Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera: Notodontidae). Molecular Ecology Resources sous presse: doi: 10.1111/1755-0998.12756. [Genomics]

Hautier L, Oliver JD, Pierce SE (2018) An overview of Xenarthran developmental studies with a focus on the development of the xenarthrous vertebrae. Journal of Mammalian Evolution: 10.1007/s10914-017-9412-y. [Tomography]

Le Bissonnais Y, Prieto I, Roumet C, Nespoulous J, Metayer J, Huon S, Villatoro M, Stokes A (2018) Soil aggregate stability in Mediterranean and tropical agro-ecosystems: effect of plant roots and soil characteristics. Plant and Soil sous presse: doi: 10.1007/s11104-017-3423-6. [Chemical ecology]

Leblois R, Gautier M, Rohfritsch A, Foucaud J, Burban C, Galan M, Loiseau A, Sauné L, Branco M, Gharbi K, Vitalis R, Kerdelhué C (2018) Deciphering the demographic history of allochronic differentiation in the pine processionary moth Thaumetopoea pityocampa. Molecular Ecology 27 (1): 264-278. [Bio/eco-informatics]

Louvrier J, Duchamp C, Lauret V, Marboutin E, Cubaynes S, Choquet R, Miquel C, Gimenez O (2018) Mapping and explaining wolf recolonization in France using dynamic occupancy models and opportunistic data. Ecography 40 (4): 647-660. [Bio/eco-informatics]

Majeed MZ, Miambi E, Barois I, Bernoux M, Brauman A (2018) Characterization of N2O emissions and associated microbial communities from the ant mounds in soils of a humid tropical rainforest. Folia Microbiology (Praha) doi: 10.1007/s12223-017-0575-y:  [Experimental fields]

Milcu A, Puga-Freitas R, Ellison AM, Blouin M, Scheu S, Freschet GT, Rose L, Barot S, Cesarz S, Eisenhauer N, Girin T, Assandri D, Bonkowski M, Buchmann N, Butenschoen O, Devidal S, Gleixner G, Gessler A, Gigon A, Greiner A, Grignani C, Hansart A, Kayler Z, Lange M, Lata J-C, Le Galliard J-F, Lukac M, Mannerheim N, Müller MEH, Pando A, Rotter P, Scherer-Lorenzen M, Seyhun R, Urban-Mead K, Weigelt A, Zavattaro L, Roy J (2018) Genotypic variability enhances the reproducibility of an ecological study. Nature Ecology & Evolution 56: 958-958. [Chemical ecology]

Milesi P, Assogba BS, Atyame CM, Pocquet N, Berthomieu A, Unal S, Makoundou P, Weill M, Labbe P (2018) The evolutionary fate of heterogeneous gene duplications: A precarious overdominant equilibrium between environment, sublethality and complementation. Molecular Ecology 27 (2): 493-507. [Genomics]

Mollion M, Ehlers BK, Figuet E, Santoni S, Lenormand T, Maurice S, Galtier N, Bataillon T (2018) Patterns of genome-wide nucleotide diversity in the gynodioecious plant Thymus vulgaris are compatible with recent sweeps of cytoplasmic genes. Genome Biology and Evolution 10 (1): 239-248. [Bio/eco-informatics]

Montazeaud G, Violle C, Fréville H, Luquet D, Ahmadi N, Courois B, Bouhaba I, Fort F (2018) Crop mixtures: does niche complementarity hold for belowground resources? An experimental test using rice genotypic pairs. Plant and Soil sous presse: doi: 10.1007/s11104-017-3496-2. [Chemical ecology & Experimental fields]

Mourlam MJ, Orliac MJ (2018) Protocetid (Cetacea, Artiodactyla) bullae and petrosals from the middle Eocene locality of Kpogamé, Togo: new insights into the early history of cetacean hearing. Journal of Systematic Palaeontology sous presse: doi:10.1080/14772019.2017.1328378. [Tomography]

Papuga G, Gauthier P, Pons V, Farris E, Thompson JD (2018) Ecological niche differentiation in peripheral populations: a comparative analysis of eleven Mediterranean plant species. Ecography sous presse: 10.1111/ecog.03331. [Chemical ecology]

Paradis E (2018) Analysis of haplotype networks: the randomized minimum spanning tree method. Methods in Ecology and Evolution 9 (5): 1308-1317. [Bio/eco-informatics]

Perez RPA, Dauzat J, Pallas B, Lamour J, Verley P, Caliman J-P, Costes E, Faivre R (2018) Designing oil palm architectural ideotypes for optimal light interception and carbon assimilation through a sensitivity analysis of leaf traits. Annals of Botany: doi: 10.1093/aob/mcx161. [Bio/eco-informatics]

PerrotMinnot MJ, Špakulová M, Wattier R, Kotlík P, Düşen S, Aydoğdu A, Tougard C (2018) Contrasting phylogeography of two Western Palaearctic fish parasites despite similar life cycles. Journal of Biogeography 45 (1): 101-115. [Bio/eco-informatics]

Petsopoulos D, Leblois R, Sauné L, İpekdal K, Aravanopoulos FA, Kerdelhué C, Avtzis DN (2018) Crossing the Mid-Aegean Trench: vicariant evolution of the Eastern pine processionary moth, Thaumetopoea wilkinsoni (Lepidoptera: Notodontidae), in Crete. Biological Journal of the Linnean Society:  [Genomics]

Poirier V, Roumet C, Angers DA, Munson AD (2018) Species and root traits impact on macroaggregation in the rhizospheric soil of a Mediterranean common garden experiment. Plant and Soil 424 (): (1-2): 289-302. [Chemical ecology & Experimental fields]

Prieto I, Querejeta J, Segrestin J, Volaire F, Roumet C (2018) Leaf carbon and oxygen isotopes are coordinated with the leaf economics spectrum in Mediterranean rangeland species. Functional Ecology sous presse: doi: 10.1111/1365-2435.13025. [Chemical ecology & Experimental fields]

Proffit M, Bessière J-M, Schatz B, Hossaert-McKey M (2018) Can fine-scale post-pollination variation of fig volatile compounds explain some steps of the temporal succession of fig wasps associated with Ficus racemosa? Acta Oecologica sous presse: 10.1016/j.actao.2017.08.0091-10. [Chemical ecology]

Prunier JG, Dubut V, Loot G, Tudesque L, Blanchet S (2018) The relative contribution of river network structure and anthropogenic stressors to spatial patterns of genetic diversity in two freshwater fishes: A multiple-stressors approach. Freshwater Biology 63 (1): 6-21. [Genomics]

Rousselle M, Mollion M, Nabholz B, Bataillon T, Galtier N (2018) Overestimation of the adaptive substitution rate in fluctuating populations. Biol Lett 14 (5): 2018.0055. [Bio/eco-informatics]

Simion P, Belkhir K, François C, Veyssier J, Rink JC, Manuel M, Philippe H, Telford MJ (2018) A software tool 'CroCo' detects pervasive cross-species contamination in next generation sequencing data. BMC Biology 16 (1): 28. [Bio/eco-informatics]

Sochat V (2018) The Scientific Filesystem. Gigascience 7 (5): giy023. [Bio/eco-informatics]

Soler CCL, Schatz B, Bessière J-M, Hossaert-McKey M (2018) Geographic variation of fruit scents in a dispersion mutualism, the case of Ficus lutea. Acta Oecologica sous presse:  [Chemical ecology]

Thybert D, Roller M, Navarro FCP, Fiddes I, Streeter I, Feig C, Martin-Galvez D, Kolmogorov M, Janousek V, Akanni W, Aken B, Aldridge S, Chakrapani V, Chow W, Clarke L, Cummins C, Doran A, Dunn M, Goodstadt L, Howe K, Howell M, Josselin AA, Karn RC, Laukaitis CM, Jingtao L, Martin F, Muffato M, Nachtweide S, Quail MA, Sisu C, Stanke M, Stefflova K, Van Oosterhout C, Veyrunes F, Ward B, Yang F, Yazdanifar G, Zadissa A, Adams DJ, Brazma A, Gerstein M, Paten B, Pham S, Keane TM, Odom DT, Flicek P (2018) Repeat associated mechanisms of genome evolution and function revealed by the Mus caroli and Mus pahari genomes. Genome Res 28 (4): 448-459. [Genomics]

Veyrunes F, Perez J (2018) X inactivation in a mammal species with three sex chromosomes. Chromosoma 127: 261-267. [Genomics]

LISTE GLOBALE 2011-2018 : voir PDF bas de page

 

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