GenSeq : Génotypage - Séquençage Génomique environnementale

Ce plateau met à la disposition de la communauté les technologies classiques en matière d’analyse génétique par électrophorèse capillaire : génotypage par analyses de variation de taille de fragments – microsatellites, AFLP – et séquençage type Sanger. Il propose également une automatisation de l’extraction d’acides nucléiques de qualité génomique afin de traiter rapidement et de façon reproductible un grand nombre d’échantillons. Quelques outils dédiés à la préparation de banques NGS sont également disponibles. 

Localisation : 
ISEM
Description

La plateforme Epigénomique offre la possibilité d’effectuer des expériences de biologie moléculaire (« wet-bench») et l’analyse des données issue d’approches de séquençage massif (« dry-bench») dans les domaines de l’épigenétique, épigénomiqueet épigénétique des populations. L’acquisition de d’un robot (IP-Star) a permisd'automatiser et standardiser l'ensemble des technologies disponibles aujourd'hui pour l'analyse de marques épigénétiques : (1) Chromatin ImmunoPrecipitation (ChIP) pour les protéines chromatiniennes comme les histones modifiés ou des protéines liés à l'ADN methylé ou encore des facteurs de transcription, (2) Methylated DNA Immune Precipitation (MeDIP) et encore (3) d’autres méthodes permettant la conversion par bisulfite pour la détection de 5-methyl-cytosines.Nous offrons également des compétences dans l’analyse de la méthylation de l’ADN et des modifications des histones. Toutes les analyses bioinformatiques utilisent l’interface Galaxy et pourront être effectuées à distance (http://bioinfo.univ-perp.fr).

 

Techniques : X-ChIP, N-ChIP, ChIPmentation, MeDIP, RRBS, Bisulfite sequencing, WGBS, ATAC-Seq 

Equipements

IP-Star, Bioruptor Pico, Galaxy serveur

Fonctionnement

Pour commencer ou préparer un projet, merci de prendre contact avec Christoph Grunau, responsable de la plateforme.

http://ihpe.univ-perp.fr/plateforme-epigenetique/

Contact : 
 
Responsables: Erick Desmarais et Frédérique Cerqueira
 
Contact:
 
ISEM, CC063, Bât. 24, 1er étage
Université Montpellier 2, Place E. Bataillon
Montpellier
 
 
 

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