Génomique environnementale Cyto-Génomique Evolutive

Cette plateforme partagée entre deux sites complémentaires est dédiée aux analyses de biologie évolutive basées sur les chromosomes, depuis le classique caryotypage jusqu’aux toutes dernières techniques d’hybridation in situ.

Elle propose des outils permettant la mise en œuvre de projets de cytogénomique ayant pour objet l’'étude de l'architecture et/ou la fonction du génome, des chromosomes de la chromatine et des gènes. 

Localisation : 
ISEM / CBGP
Description

La cytogénomique évolutive a pour objet l’étude de l'architecture et le fonctionnement du génome au niveau des gènes, de la chromatine et des chromosomes.
Elle cible principalement l'organisation chromosomique pour élucider les processus évolutifs liés aux changements de la structure des chromosomes et la conséquence de ces changements en termes d'adaptation et de spéciation.

La plateforme est localisée sur deux laboratoires, l'un sur le Campus du Triolet de l'UM2 (ISEM) où sont installés des équipements d'imagerie et une collection de cellules cryopréservées, l'autre sur le Campus de Baillarguet (CBGP) où sont installés des équipements d’imagerie et une unité de culture cellulaire.

Une large gamme de techniques est développée, depuis les techniques conventionnelles de la cytogénétique (caryotypage, banding G et C, coloration des NORs) jusqu'aux techniques de cytogénétique moléculaire basées sur l’hybridation in situ et la microscopie à fluorescence (ex. peinture chromosomique ou Zoo-FISH, BAC-FISH, PRINS, sperm-FISH, etc), ainsi que des techniques relevant d'approches de génomique fonctionnelle (analyse épigénétique, expression génique) en collaboration avec les autres plateformes de génomique environnementale.

Equipements

- Trois microscopes Zeiss Axiophot à fluorescence et systèmes d'analyse d'images (Genus)
- Un microscope inversé
- Deux appareils PCR avec bloc pour lames microscopiques (pour PRINS) 
- Deux hottes aspirantes
- Une hotte à flux laminaire
- Une étuve thermostatée à CO2 pour la culture cellulaire
- Un système de cryoconservation des lignées cellulaires
- Deux platines chauffantes

Fonctionnement

Activité annuelle :
- 500 caryotypes (rongeurs sauvages, poissons, moustiques)
Mise en route, entretien et cryopréservation de lignées cellulaires 

- 500 localisations chromosomiques de gènes ou de fragments chromosomiques par hybridation in situ (Zoo-FISH ou BAC-FISH) ou par PRINS

Utilisateurs: Unités de l'IFR (ISEM, CBGP, MIVEGEC), extérieurs (IGH, Univ. Toulouse), étudiants (Masters, maîtrise, doctorants), post-doctorants, partenaires étrangers (UCAD, Sénégal ; UAM, Niger ; etc)

Contact : 
Responsable scientifique :
ISEM – Frédéric Veyrunes – frederic.veyrunes@univ-montp2.fr
 
Responsables techniques :
ISEM – Julie Perez  - julie.perez@univ-montp2.fr
CBGP –  Philippe Gauthier – philippe.gauthier@ird.fr
 
 

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